口袋妖怪突擊隊2 - 融合

一開始，可以選擇男或女，選擇後便可以開始進入遊戲故事。一開始會有一個小小的教學，這教學可以令沒玩過這遊戲的玩家體驗一下。

之後主角便會有一位女士會帶主角到一間教室裏上課，這裏是口袋妖怪突擊隊的學校，之後會有一大堆劇情，無需要理會，但是主角學習完後，教師會教導主角看看右下角的菜單，以下是要留意菜單的系統。

スタイラー：上屏是主角的等級，下屏是每做完一個任務便有一個記號
リリーズ：放走小精靈（小精靈的數量有限，不想要的小精靈就用它叫小精靈走吧!）
ブラウザ：圖鑑
ミッション：主要任務，必要任務的劇情發展

マップ：大地圖(每一個地方都要相關的地方圖片，都幾有趣吧!)
クエスト：小任務，對主要劇情無影響
オプション：遊戲選項（可選遊戲對話語速和對話框顏色）
じてん：遊戲字典(相關的遊戲資料都可以在這裏查詢，第三個有很多主角相關的圖片，都幾有趣!)
ちゅうだん：遊戲中斷（當你很想儲存，但是當時地方沒有儲存的話，便可以用這個）

之後，劇情會有一個女孩和主角一起開始參觀學校，在教室上方有一個機器(機器頂部會有一個像風扇一樣的)這是可以在這時刻去存檔。存檔後，最好和教室裏所有人說話一次，在新環境裡多調查都是一樣好的事情。

玩家走出教室後，可以從上方樓梯上樓到第二層的學生宿舍，到了第二層之後，這裏可以替玩家的捕捉小精靈的道具充電(一到第二層右邊便是可以充電的東西)，上前調查一下，你會看見NDS的上屏有一個地圖，上面會顯示出一個「Ｐ」的記號，以後記得去充充電呵!

跟著，可以落一層樓梯，左邊是圖書室，右邊是職員室，帶著眼鏡的校長和剛才一開始見過的老師都就在這裏。接下來是大廳右下角的教室，入到去會有另一位老師正在上課，上前和他說話吧~

參觀完了學校之後下課的鈴聲都響了，這時離開學校了。先來到左邊的屋子，也就是起初玩家在這裏學習如何捕獲小精靈的屋子，入到去，會見到一個老師，他又會教導你一些新技術。

~未補完~